Полковник П. Шепелев, имевший с Каранаем личные счеты за унизительное сидение в осажденном Стерлитамаке, мечтал первым исполнить генеральский приказ. Однако Каранай находился у Тимашева близ Зилаирской крепости. Поэтому 10 октября Шепелев просил Тимашева «схватить из числа первейших злодеев башкирского сотника Караная» и прислать к нему. Однако тот не спешил исполнять указания полковника, ибо вел собственную игру. Для начала он решил добиться санкции высокого начальства на самостоятельное ведение дела: «...если удастся мне ево Каранайку изловить или другим способом достать, то не позволите ль ваше высокопревосходительство взять мне его под видом надобности с собой...» Получив согласие Рейнсдорпа, Тимашев отправил Караная в Казань под видом курьера, везущего депешу П.С. Потемкину. Путь его был окольным: он лежал через Челябинск, Екатеринбург и Кунгур, т. е. проходил в обход Башкирии, так как, по словам Тимашева, «здесь единомышленников их большая часть».
Как видим, Тимашев считал, что, во-первых, появление Караная в Башкирии может спровоцировать новое возмущение среди его сторонников. А, во-вторых, опасался, что знаменитого бунтовщика перехватит полковник Шепелев, стоявший в это время на Оренбургском тракте. Тимашев предлагал генералу Потемкину два варианта решения его судьбы: «Ежели оной по разсмотрению вашего превосходительства достоин милости ея величества, то может, возвратясь, утверждение сделать в своем буйственном народе. Буде ж заслужил наказание, – состоит во власти вашего превосходительства». 12 ноября 1774 г., когда Каранай уже был на пути в Казань, П.С. Потемкин в рапорте П.И. Панину соврал, что его подопечный умер: «Я уповаю, милостивый государь, что буду все иметь в руках, а равным образом славного Кинзю и Салавата, Каранайка умер, а Канзафара, слышал, что уже поймали...» Этот факт наводит на мысль, что Потемкин хотел, чтобы Каранай смог беспрепятственно добраться до пункта назначения, а это значит, что Панин сам был не прочь схватить знаменитого бунтовщика и приписать заслугу его поимки себе и своим людям, как он это сделал в случае с Пугачевым. Но Потемкин уже был научен горьким опытом, и Каранай 20 ноября 1774 г. благополучно прибыл в Казань, о чем генерал тут же доложил Екатерине: «...в Казань доставлен главнейший бунтовщик Каранай Муратов и также скоро будет Салават с отцом...».
Восемь дней Каранай-батыр пребывал в Казанском остроге. Он не знал, что в дни казанского заточения Салават уже был пойман. Здесь он увидел многих своих бывших соратников. Всего к Потемкину в Казань явилось более 200 старшин. Они были допрошены, приведены к присяге, а затем, получив документы о прощении, были отпущены по домам, ибо ни Екатерина, ни Потемкин не собирались их наказывать. Однако Караная не отпускали. Наконец 28 ноября все открылось: ему было приказано отправиться в Москву, и опять же не в качестве колодника: теперь под видом одного из конвоиров трех преступников, шедших по этапу в Москву. О причинах отправки Караная в первопрестольную Потемкин доложил самой Екатерине:«...привезен сей Каранай был в Москву, во-первых, для того, чтоб видел под стражей и в узах того, коего идолом они представляли, а потом бы и казни был мнимого идола своего, злодея Пугачева, очевидным свидетелем...». 10 января 1775 г. в Москве на Болотной площади состоялась казнь Пугачева, во время которой присутствовал Каранай Муратов. По замыслу властей, башкирский народ для большей убедительности должен был узнать о смерти Пугачева из уст одного из самых авторитетных его соратников. Вместе с самозваным царем подверглись экзекуции два соратника Караная: Василий Торнов был повешен, а Илья Ульянов бит кнутом и после вырывания ноздрей был сослан в Рогервик.
Каранай после лицезрения казней был отправлен обратно. 26 января его доставили в Казань в распоряжение губернатора П.С. Мещерского, который вскоре отпустил мятежного батыра на родину. Интересно, что, отправляясь в Москву, он не был уверен в своем благополучном возвращении. По преданию, он сказал родственникам, что если через год он не вернется, они должны совершить по нему поминки. В апреле 1775 г. он вернулся на родину. Последние сведения о нем относятся к 1788 г., когда служил старшиной Бурзянской волости.