В конце июля они предприняли третью и последнюю попытку комбинированного похода на Уфу: Салават должен был ударить с севера; Каранай и Каскын Самаров с юга; Канзафар Усаев и Сляусин Кинзин с юго-запада, а Токтамыш Ишбулатов с северо-запада. Некоторые отряды уже находились в радиусе 50 км от города. Но внезапная активизация действий команд «верных» башкирских и мишарских старшин сорвала их планы.
Между «верными» и «ворами» развернулась настоящая война. Башкирский старшина Каип Зиямбетев, некогда сражавшийся плечом к плечу с Каранаем Муратовым под Мензелинском и Нагайбаком, а теперь перешедший на сторону правительства, 24 июля 1774 г. сообщал: «А Каранай, Канбулат и Кинзи-абыза меньшой брат Кутлукильда, сын ево, Кинзи, Сляусин, набрав сот до шести башкирцов, находятся в вершине реки Кундряку. А чрез находящуюся в вершинах реки Мияки деревню Микифорову для соединения с вышеписанным Кутлугильдою прошло 400 чел. калмык, 200 яицких казаков, как то слышно, что уже и сообщились, и намерение их такое, чтоб старшин Кедряся, Ильчигула, Мендея и Алибая жительствы вырубить».
Все это дало повод главнокомандующему карательной экспедиции Ф.Ф. Щербатову 1 августа победно объявить Екатерине II: «Касательно Башкирии получил я, всемилостивейшая государыня, известия от оренбургского губернатора, что хотя буйность обитаемого в оной губернии свирепого народа и не уменьшается, но войски вашего императорского величества удерживают их от произведения дальнейших злодейств...». Но, с другой стороны, генерал признавал, что башкиры не только не укрощались, но «в злодействах своих время от времени наиболее свирепствуют и все свое зверство обращают на истребление заводов». Например, только из 12 заводов промышленной компании Мясникова и Твердышевых было уничтожено 10, угнаны в плен около 7 тыс. заводских крестьян.
Прибытие с турецкого фронта дополнительных частей, брошенных в Башкирию, сделали невозможным активное сопротивление. Каранай Муратов, с которым мечтали расправиться поднявшие голову «верные» башкирские и мишарские старшины долины Дёмы и Уршака, в это время счел за благо скрыться в горах Урала на территории родной Бурзянской волости. Тархан Кидрас Муллакаев 4 августа выловил очередного повстанческого командира – на этот раз пугачевского полковника Канзафара Усаева. 17 августа генерал П.С. Потемкин писал Екатерине II: «Что касается здешних мест, вокруг Казани и до самой Казани, – все спокойно. Не утишаются одни только башкирцы (…). Разные способы нужны ко усмирению сего народа. Один из старшин башкирских по повелению моему поймал самого главнейшего сообщника Пугачева – Канзефара, за которого заплати я 100 рублев и послал показанному старшине Кидрясу медаль, повелев ему искать оставших двух, Караная и Салавата, обещав за каждого по 100 рублев».
18 октября новый главнокомандующий карательными войсками генерал-аншеф Петр Панин обратился к башкирам с последним ультиматумом: «…естли кто дерзнет остаться в ослушании сего, то те да будут уверены сим моим словам, что прежде, нежели еще ожидать могут, прибуду я к ним с тою рукою и победоносным оружием, от которых и самые крепкие Бендерские стены, на кои вся махометанская держава надежду полагала, не устояли и были разрушены, город весь в пепел обращен (...). И тогда ж весь тот башкирский народ, который сему не повинуется мужеск пол до самых младенцов будет растерзан лютейшими смертями, жены, дети и земли их все без изъятия розданы в рабство...».
24 октября 1774 г. оренбургский губернатор И.А. Рейнсдорп докладывал П. Панину о том, что сложил оружие башкирский старшина Суун-Кыпчакской волости Ямансары Яппаров, а «от протчих беспокойства не слышно, кроме известного сообщника Пугачева – Салаватки и отца ево, старшины Юлая Азналина». Однако, замечал губернатор, Салават уже разбит подполковником П. Рылеевым, который, как говорилось выше, в мае потерпел поражение от отряда Караная. Далее И.Р. Рейнсдорп писал, что другие башкирские старшины, «кои у него, Пугачева, искусныя были Каранайка, Муйнак, Качкын, Кутлугильда от домов их находятся в отлучении».
Понимая, что ультиматумы вряд ли приведут к безоговорочному повиновению наиболее решительной части башкирских полевых командиров, которые предпочтут смерть унизительной сдаче в плен, Екатерина II придумала способ к их примирению без ущерба для их достоинства. Еще 3 сентября оренбургский губернатор Рейнсдорп получил «Высочайший указ» об учреждении специальной комиссии по заготовке и отправке в Оренбург продовольствия. Причем к этому делу правительство предлагало привлечь самих повстанческих предводителей. Губернатору предписывалось вызывать их не для капитуляции, а «под другим видом», т. е. под видом транспортировки провианта. Выполнение этой миссии взял на себя подполковник И. Тимашев, который, будучи оренбургским помещиком, по словам губернатора Рейнсдорпа, «совершенно знает нравы и образ мыслей башкирцев...». Ему предписывалось отправлять груз на подводах башкирских предводителей, «уговаривая их к тому по вашему искусству в заглаждении их пред Ея императорским величеством преступления или за сходную плату…». К середине октября к Тимашеву в район Зилаира со своими подводами явились почти все мятежники. Среди них были Каскын Самаров, Кутлугильды Абдрахманов, Сляусин Кинзин, Ямансары Яппаров, а также Каранай Муратов. Сопротивление продолжал оказывать лишь Салават Юлаев.
Восстание угасло, а значит, наступило время раздачи наград. Следует заметить, что многие заслуженные генералы и офицеры, чья военная репутация не подлежит сомнению, оказались не слишком щепетильными по части получения поощрений за подавление пугачевщины. В среде генералитета и офицерства разгорелась борьба за головы Пугачева и его полевых командиров. Каждый хотел выслужиться перед Екатериной II, представ перед ней в роли поимщика того или иного знаменитого бунтовщика.
За кулисами побед скрывалась невидимая борьба, сыгравшая положительную роль в судьбе мятежников. Вопрос о пугачевщине стал яблоком раздора между двумя придворными партиями, во главе одной из которых стояли фавориты Екатерины. Из участников подавления пугачевщины в этой группе находился начальник секретных комиссий генерал-майор П.С. Потемкин, троюродный брат Г. Потемкина, а также большинство немцев: Рейнсдорп, Фрейман, фон Брандт, Корф, Михельсон и другие, т. е. лица, не имевшие корней в родовитом дворянстве. Этой партии фаворитов и иноземцев противостояла партия, условно говоря, русских аристократов, которую возглавлял канцлер Никита Панин, вокруг которого сгруппировалась старорусская знать и просто неродовитые службисты. Их поддерживал цесаревич Павел Петрович, известный оппозиционностью к своей матери Екатерине II. Из генералов, участвовавших в подавлении пугачевщины, к этой группе примыкали брат канцлера генерал-аншеф Петр Панин, генерал-майор Петр Голицын, а также генерал-поручик Александр Суворов.
«Аристократы» были за самое тщательное расследование, а затем жестокое наказание всех государственных преступников. Их дотошность была вызвана жаждой разоблачения, желанием вывести на чистую воду все реальные и мнимые прегрешения режима и лично Екатерины, чье восшествие на престол путем убийства законного императора Петра III они считали не совсем законным. Напротив, партия фаворитов, как естественная опора Екатерины II, не желала тщательного и публичного расследования, чтобы не усугублять душевных переживаний царицы, удрученной массовым восстанием своих подданных во имя мнимого императора Петра Федоровича. Поэтому фавориты и Екатерина старались как можно быстрее закрыть это неприятное дело. Следствием этого стало возникновение названного выше плана по легализации башкирских предводителей.
Между генералами и офицерами этих двух партий развернулась настоящая охота за головами наиболее знаменитых мятежников. 15 сентября 1774 г. схваченный казаками Пугачев был привезен в Яицкий городок, где его принял чиновник секретной комиссии капитан Маврин, прямой подчиненный генерала П.С. Потемкина. Последний, естественно, приказал доставить самозванца к нему лично в Казань. Однако шедший неподалеку генерал-поручик А.В. Суворов, вызванный с турецкого фронта, перехватил чужую добычу и доставил ее в Симбирск своему непосредственному начальнику генерал-аншефу П.И. Панину. По этому поводу П.С. Потемкин отметил: «С сожалением усмотрел я, что Пугачев взят из рук наших». «Аристократы» пошли еще дальше. П.И. Панин попытался представить дело таким образом, чтобы приписать честь поимки знаменитого мятежника А.В. Суворову. Последний нисколько не сопротивлялся этому, хотя его причастность к разгрому и поимке Пугачева была очевидна для всех.
П.С. Потемкин писал Екатерине: «Всего горше, всемилостивейшая государыня, что при самом первом свидании господина генерал-поручика [Суворова] и моего, его сиятельство граф Панин удостоил пред целым народом изъяснить благодарность господину Суворову, священным именем вашего величества и всей империи, яко Суворов поймал злодея Пугачева, с такою холодностью ко мне изъявляемая, что не трудно было видеть в нем внутреннюю ко мне досаду. Может быть сие происходит от того, что я не скрыл от его сиятельства каким образом в самом деле злодей был пойман, а господин Суворов не устыдился при всех зрителях целовать шесть раз в руки и в полы своего одобрителя...».
Павел Рунич, будущий сенатор, а в 1774 г. еще просто майор, ставший свидетелем этой сцены, впоследствии писал, что при «этом генерал-майор Потемкин с особою скромностью слушал сии похвалы, а при том смотрел на поклоны генерал-поручика Суворова с неким недоумением и тайной улыбкой». Генерал П. Потемкин жаловался Екатерине: «...я не осмелюсь, всемилостивейшая государыня, всеконечно никогда произнесть того, что много участвовал в поимке злодея, но как истине не заграждает уст премудрое правление ваше, то осмелюсь сказать, что имел более участия нежели господин Суворов...». По получении этого послания Екатерина II отписала своему фавориту Григорию Потемкину: «Голубчик, Павел прав, Суворов тут участия более не имел, как Томас, а приехал по окончании драк и по поимке злодея». После этой истории на роль официального «сокрушителя» Пугачева ею был выдвинут подполковник И.И. Михельсон: «Михельсону обязана [я] поимкою Пугачева, который едва было не забрался в Москву, а может быть и далее».