6 марта он занял Нагайбак, а 8 марта выступил в сторону д. Стерлитамак, где находились 1 500 повстанцев во главе с Василием Торновым, Каранаем Муратовым, Кидрасом Муллакаевым и другими.
Пугачевцы, открыв огонь из пушек и ружей, сумели остановить авангард противника во главе с майором Хариным. Тогда Ларионов отправил в обход кавалерию, а лыжников двинул на их батарею. Сделав несколько выстрелов, повстанцы отступили. Затем генерал выбил из Бакалов полковника Илью Ульянова, который отступил к Уфе в лагерь Зарубина-Чики.
После упорных боев под Нагайбаком генерал-майор Л.А. Ларионов почувствовал себя очень неуверенно. Он топтался на месте, не решаясь идти внутрь Башкирии. Видя это, главнокомандующий Бибиков вместо медлительного генерала поставил молодого и энергичного подполковника И.И. Михельсона, который с частью Санкт-Петербургского полка прибыл в Бакалы. Во главе корпуса, который теперь составлял 2 тыс. чел., он решительно двинулся к Уфе. 24 марта у д. Зубово состоялось сражение. Против царских войск вышло около 7 тыс. повстанцев, у которых было 10 пушек. После боя Михельсон отрапортовал: «Злодеи нас встретили, сравняясь противу деревни Зубовки на самом рассвете. Разделя по обеим сторонам деревни своих лыжников и часть конницы, до 4 тыс. чел., протянувших более версты, а тысяч до 3-х или более с 10 пушками шли прямо навстречу (...). Лыжники и вся злодейская толпа, стараясь нас окружить, ударили со всех сторон с великим свирепством...».
Бой длился несколько часов. Повстанцам удалось кольцом охватить корпус Михельсона и пробиться в тыл: «Наступающие з боков злодеи в то самое время беспрестанно дрались с отчаянием и делали нападении человек более тысячи на мой обоз, между коим и мною уже и дорогу пересекли (…). Сии злодеи, по большей части башкиры и татары, усиливались с такой злобой, что, невзирая на великий урон, который имели, всеми мерами, собравшись на дорогу, ни шагу уступить не хотели...». Однако слаженность действий солдат и храбрость офицеров сделали свое дело. К двум часам пополудни повстанцы были разгромлены. Устрашенные стремительным натиском Михельсона, они стали толпами являться в ставку царского командира с повинной. Кроме, однако, башкир «...в коих, – по словам Михельсона, – злость и жестокосердие с такою яростью вкоренилось, что редкий живой в полон отдавался, а которые и были захвачены, то некоторые вынимали ножи и резали людей; другие найдены в сене и под полом, видя себя открытыми, выскакивали с ножами и копьями...» Повстанцы потеряли убитыми 500 чел., правительственные войска – 23.
Схожие события происходили и на Кунгурском направлении. 14 марта Салават-батыр, имевший под своим командованием 3 тыс. воинов, сразился с подполковником А.В. Папавом, имевшим несколько сот пехоты и конницы. Башкиры атаковали правительственный отряд и обратили в бегство кавалерию противника. «Злодеи, всеми силами наступая, понудили нашу конницу к ретираде, из которой, по несметельству, задние скакали прямо на пехоту…», – писал в рапорте Папав. Однако стойкость пехоты и огонь артиллерии вскоре сделали свое дело: «Злодеи, видя наш фронт идущий, остановясь, стреляли из ружей и луков и, наконец, стали помалу мешаться, клонясь к ретираде». Повстанцы потеряли 47 чел., Папав – 8 солдат и казаков. 17 марта у д. Бугалыш произошло новое сражение. Папав писал: «Предводитель был башкирец, называемый полковник Салават Юлаев, которой (…) хотя и старался о собрании прежних сил, однако ж, не успел…». Красноуфимск был занят правительственными войсками.
В сражениях 9 и 10 апреля отряд секунд-майора Нарвского пехотного полка Д.О. Гагрина разгромил повстанческое войско, состоявшее из 3 тыс. казаков и крестьян, а также 2 тыс. башкир. После этого Челябинск, с февраля 1774 г. находившийся в руках пугачевцев, был освобожден. Таким образом, к концу марта – началу апреля 1774 г. на всех фронтах пугачевщины – под Оренбургом, Уфой, Мензелинском, Красноуфимском и Челябинском – повстанцы потерпели поражение. Однако карательная экспедиция генерал-аншефа А.И. Бибикова не достигла своих целей. Разбитые, но не сломленные инсургенты, рассеянные под ударами регулярной армии по просторам Башкирии, не собирались складывать оружие. Они ждали окончания распутицы, чтобы вновь взяться за старое. Сам Бибиков, едва увидев результаты своих многомесячных трудов, 9 апреля скончался в Бугульме.
Каранай Муратов – главный предводитель Ногайской дороги
Выбитые генералом Ларионовым из Нагайбакской округи повстанческие командиры – Василий Торнов, Каранай Муратов, Кидрас Муллакаев, Каип Зиямбетов, Ишкары Арсланов и другие – в середине марта 1774 г. отступили к оз. Асылыкуль и остановились в ауле Кидрас, где имел проживание тархан и старшина Кара-Табынской волости Кидрас Муллакаев. В тот момент, наверное, они были единственными, кто продолжал борьбу. Отправившись на Усень-Ивановский и Троицкий заводы, они мобилизовали 600 крестьян, а затем, взяв под контроль тракт Бугульма–Уфа, следили за передвижениями противника и перехватывали курьеров. Через некоторое время ими было принято решение атаковать Бакалинскую крепость, где стояли команды командиров Томского пехотного и Архенгелогородского карабинерного полков Н. Кожина и А. Обернибесова. С этой целью партизаны перебрались поближе к крепости в д. Бишкуразово.
Однако осуществлению их плана помешал конфликт, произошедший между предводителями. Атаман В. Торнов в ссоре зарубил трех братьев Юртбагишевых – Юлбарса, Кутлубулата и Атара, башкир из аула Арсланбек, а также ясачного татарина д. Аксарино Казанской провинции Аренкула Асеева, который, как говорилось выше, 16 января сразился под Заинском с полковником Ю. Бибиковым. После этого инцидента повстанческий отряд распался. Кидрас Муллакаев собрал своих сторонников, благо его родной аул находился неподалеку, и 9 апреля напал на лагерь В. Торнова. Связав атамана и 25 его сторонников, в числе которых, между прочим, был служилый татарин Месогут Гумеров, он повез бывших своих соратников в Бугульму и выдал их властям. Тем самым тархан заслужил себе прощение.
10 апреля он писал генералу А.И. Бибикову: «…от главного старшины тархана Кыдрача Муллакаева, старшины Каипа Зиямбетева, старшины Ишкары тархана Арасланова, старшины Максюта Мурзакаева с товарыщи ево. Казанской дороги все старшины, со всеми командами приехали в д. Бишкораз, где имел с нами воровской камандир Василей Иванович Торнов и со всеми своими командами несколько сражения (…). А понеже оной проклятой и злодей Торнов, собирая к себе воров, погубил многих невинных людей повешенеием и порублением, а иных замучил побоем досмерти…». Среди подписавших документ старшин и сотников имени Караная Муратова нет. По всей видимости, в момент конфликта и последующего нападения на атамана Торнова его не было в ауле Бишкураз.
После бегства Пугачева вглубь Башкирии, военное командование во избежание прорыва повстанческих отрядов решило усилить охрану Ново-Московской дороги, соединявшей Оренбург и Казань. Вдоль нее были размещены многочисленные подразделения регулярных войск. Самым старшим офицером здесь был полковник П. Шепелев, командир Санкт-Петербургского карабинерного полка, стоявший в д. Дюсметево. Имея в своем распоряжении более 600 солдат при 4 орудиях, он 8 мая на р. Ток разбил калмыцкий отряд, прорывавшийся в Уфимскую провинцию со стороны Ставрополя Волжского (ныне г. Тольятти). Однако около 500 калмыков все же сумели проникнуть в башкирские волости по р. Дёме.
В это время Каранай Муратов, находившийся в своем ауле в верховьях Уршака, объявляет сбор уцелевшим повстанческим отрядам, а также новую мобилизацию. К нему стекаются башкиры Юрматынской и Тамъянской волостей, «с которыми в прошедшей зиме, разъезжая, грабил заводы и боярские жилища», а также присоединяется около 300 калмыков. Его отряд стал насчитывать около 1 000 чел. В этот момент он получил известие о движении из Стерлитамака в Бугульму отряда подполковника Санкт-Петербургского карабинерного полка П. Рылеева, состоявшего из 3 эскадронов гусар. 18 мая между дд. Уршакбаш-Карамалы и Каркали он, взяв с собой 600 чел., атаковал противника. Потеряв 60 чел. убитыми, гусары дрогнули и побежали. Каранай их преследовал до аула Мурзалар, располагавшегося в 12 верстах от Стерлитамака. Войдя в деревенскую мечеть, гусары заняли круговую оборону. В течение трех дней они отбивались от наседавших башкир из ружей и пушек. Лишь 20 мая Рылееву удалось вырваться из окружения и добраться до Стерлитамака. Каранай, уничтожив продовольственные склады близ пристани, пошел разорять мишарские и татарские селения – Буриказган, Зирган и другие, которые оказывали помощь карателям.