В 1870-е годы на южной окраине Урман-Кудейской волости Уфимского уезда, на берегу реки Лемезы проживал лесник Михаил Гагин с двумя сыновьями. Находился этот лесник на частной службе у графини, вдовы коллежского асессора Прасковьи Матвеевны Шкапской. Примерно в 1876 году графиня решила продать свою землю площадью в тысячу десятин по цене 10 рублей за десятину. Практически вся земля Шкапской была покрыта лесом. Крестьянин Вятской губернии Николай Целищев встретился в Уфе с доверенным графини, который, согласившись с доводами крестьянина, отправил письмо Гагину, чтобы он допустил на свой кордон переселенцев для обустройства хозяйства. Первые новоселы прибыли в 1880 году. Землю у графини Шкапской крестьяне купили при помощи Крестьянского поземельного банка. На берегу небольшой речки Каймашки появился Михайловский починок, однако моментом его возникновения считается 1885 год.
В том же 1885 году было образовано Михайловское товарищество из 28 домохозяев, включая Кирилла Михайловича Гагина. При этом 22 семьи переселились из разных уездов Вятской губернии. Среди них две семьи Глушковых, две семьи Бусыгиных, а также семьи Никифора Игнатьевича Краева, Христофора Ильича Шкурихина, Якова Варфоломеевича Бисерова, Василия Степановича Мотовилова, Артемия Кузьмича Печенкина, Егора Степановича Царегородцева, Захара Константиновича Мосунова, Федора Тимофеевича Чепайкина и другие. В последующие годы переселенцы продолжали прибывать в Михайловский починок. До 1890 года вселились 34 семьи и 193 человека. В 1895 году в Михайловском починке насчитывалось 46 дворов и 267 человек, были отмечены хлебозапасный магазин и две бакалейные лавки. В 1898 года появилась первая школа, но отдельного здания для нее не нашлось, поэтому она размещалась в доме Христофора Ильича Шкурихина, а затем в доме Никифора Игнатьевича Краева.
До 1902 года починок относился к приходу Никольской церкви села Мана-Горы (в настоящее время Манагора относится к Лемезинскому сельсовету Иглинского района, сохранились деревянные развалины церкви). Из метрических книг известно, что в Михайловке кроме православных жили и старообрядцы, причем как поповцы, так и беспоповцы. Так, к раскольникам относились братья Шевкуновы – Тимофей, Феоктист и Иван Савельевичи, причем Тимофей и Иван были беглопоповцами, а Феоктист – старовером часовенного согласия. В 1898 году 15-летняя девица из австрийской секты Гликерия Петровна Шампорова родила девочку. К беспоповцам относился Спиридон Семенович Мосальцев, но в начале ХХ века он перешел в лоно православной церкви. В метрических книгах зафиксированы и случаи браков между православными и раскольниками.
В 1902 году в Михайловке появилась деревянная церковь имени Михаила Архангела, починок стал селом. В 1904 году в селе открылась земская школа в отдельном здании. Первым учителем земской школы стал Михаил Андреевич Куклин. По данным 1909 года в этой школе обучалось 45 детей из самого села, а также из Зоринских хуторов, Кругловского и Асеевского починков.
С медицинским обслуживанием было совсем туго – ближайший фельдшер находился 16 верстах, в башкирской деревне Нижние Лемезы (волостной центр Урман-Кудейской волости).
Некоторые жители Михайловки кроме сельского хозяйства занимались различными ремеслами. Так, Егор Яковлевич Петров с сыновьями изготавливали валенки, Сергей Шабалин был гончаром, братья Шкурихины занимались столярным делом. Один из бедных крестьян Михайловки Яков Варфоломеевич Бисеров смог «выбиться в люди». Сначала он работал на купца Колотова, проживавшего в Нижних Лемезах и занимавшегося заготовкой лесных товаров. Прослужив несколько лет приказчиком, Бисеров открыл свое дело – торговую лавку в Михайловке. Еще через несколько лет он уехал из села, после чего торговля сосредоточилась в основном в руках Степана Потаповича Новикова. Была в Михайловке и лавка Якова Иванова, продавцом в которой работал Петр Хайдуков. Бакалейную лавку в селе держал и Семен Мосальцев.
По некоторым данным несколько жителей Михайловки участвовали в русско-японской войне, среди них Осип Степанович Краев, Григорий Григорьевич Мотовилов, Савелий Иванович Шевкунов, И. В. Бисеров.
Приходским священником в Михайловке во втором десятилетии ХХ века был Андрей Яковлевич Бердов.
Подворная перепись крестьянских хозяйств 1912 – 1913 гг. зафиксировала в селе 64 хозяйства и 360 крестьян, 56 хозяев образовывали земельное товарищество, в собственности которого находилась вся земля – 811,5 десятин. Большинство крестьян жили безбедно, но богатеев в селе не было, 11 хозяев имели более 20 десятин земли, восемь – от 15 до 20, 22 – от 10 до 15, 15 хозяев – от 5 до 10 десятин. Кроме того, 14 семей арендовали в общей сложности 52,13 десятин. В шести хозяйствах засевалось от 6 до 10 десятин пашни, в 15 хозяйствах – от 4 до 6, в 18 – от 2 до 4 десятин. Восемь хозяев держали не менее трех коров, 19 – по две коровы.
Во время Первой мировой войны погибло несколько жителей Михайловки, а живыми вернулись 11 человек.
В 1917 году в селе Михайловке с прилегающими хуторами насчитывалось 77 домохозяйств и 472 человека, включая 11 семей посторонних (не приписанных к сельскому обществу). В селе проживали пять семей Шевкуновых, пять семей Петровых, по четыре семьи Краевых и Мотовиловых, по три семьи Глушковых и Шабалиных, по две семьи Князевых, Бусыгиных, Кощеевых, Юдинцевых, Пчелиных, Храповых, Коняевых, Поповых, Надеевых. Также среди домохозяев фигурировали Царегородцев, Прозоров, Пономарев, Паршаков, Давыдов, Вылегжанин, Макаров, Булдаков, Шубин, Хайдуков, Новиков, Новоселов, Голдобин, Иванов и другие. В хозяйстве мельника Сергея Яковлевича Зайца работал пленный австриец. Самым состоятельным хозяином был 44-летний Антон Никифорович Краев, он имел 37,2 десятин земли, из них 7,7 десятин пашни, из скотины держал четырех лошадей, 15 коров, десять овец и восемь свиней. Его семья на тот момент состояла из 12 человек, включая 72-летнего отца, 29-летнюю жену (вторую по счету), шестерых сыновей от 5 до 22 лет и трех дочерей. Кроме того, у Антона Краева к 1917 году были две внучки от старшего сына Степана, но проживали они в семье 51-летнего Федора Петровича Лопатина.
Осенью 1917 года село Михайловка стала центром вновь образованной Михайловской волости. Председателем волостной земской управы стал Федор Моисеевич Коняев. 23 февраля 1918 года на общем собрании граждан Михайловской волости был избран волостной совет крестьянских депутатов, председателем которого стал Антон Краев. Затем была организована боевая красная дружина, командиром которой избрали П. К. Гагина. Летом того же 1918 года вся территория Уфимской губернии оказалась под белыми. В Михайловке было восстановлено волостное земство. Несколько активных сторонников советской власти были расстреляны, среди них – отец трех красных дружинников Кирилл Михайлович Гагин. Петр и Егор Гагины вступили в партизанскую армию Блюхера, где также нашли свою погибель. В июне 1919 года через Михайловку проходили отступающие отряды армии Колчака. Тогда жители села впервые увидели грузовые автомобили, находящиеся в обозе белых. Вместе с белыми из Михайловки уехал торговец Степан Новиков.14 июня вслед за красной кавалерией в село вошли политработники Красной Армии. Сразу же был создан волостной ревком во главе с Митрофаном Владимировичем Петровым. Волостным военкомом был назначен Кузьма Христофорович Шкурихин. Председателем волисполкома избрали Степана Евстигнеевича Пономарева, сам ВИК разместился в двухэтажном доме Новикова. В октябре 1919 года в селе оформилась партийная ячейка, а ее секретарем стал тот же К. Х. Шкурихин. В конце того же 1919 года в селе производилась конфискация теплой одежды у зажиточных крестьян для нужд Красной Армии. В период гражданской войны несколько уроженцев Михайловки погибли, сражаясь в рядах РККА, среди них – П. Х. Шкурихин, И. С. Паршаков, И. Е. Мотовилов, Ф. П. Мотовилов, Ф. Г. Глушков.
В 1920 году в 15 селениях Михайловской волости проживали 1948 человек, по численности населения это была самая небольшая волость Уфимской губернии. В начале 1923 года Михайловская волость была включена в состав Улу-Телякской волости Уфимского кантона Башреспублики. Село Михайловка лишилось статуса волостного центра, но осталось центром одноименного сельсовета.
В 1923 – 1924 гг. несколько семей покинули село, они обосновались в Симском заводе, в Златоусте и других местах, пополнив ряды рабочего класса. Примерно в это же время семь семей образовали Лемезино-Михайловские хутора в двух километрах от села, среди них были семьи Антона Краева и его сына Федора.
В октябре 1929 года в Михайловке была организована коммуна «Октябрь». Ее организатором стал Яков Иванович Глушков, участник первой мировой войны и рейда Блюхера. Крестьяне-середники не спешили вступать в коммуну, хоть и Глушков на каждом собрании выступал с пламенными агитационными речами. В конечном итоге угрозы раскулачивания сделали свое дело, но следует сказать, что в Михайловке были раскулачены только две семьи, да еще Бирюков, живший на хуторе за речкой Каймашкой. В 1930 году Михайловка вошла в состав Архангельского района. В 1932 году в селе открылась семилетняя школа. В 1933 году коммуна «Октябрь» была объединена с сельскохозяйственной артелью «Новый путь», а первым председателем объединенного колхоза стал Иван Григорьевич Мотовилов. Церковь была закрыта в 1934 году, но церковное здание простояло до начала 1980-х.
Во время Великой Отечественной войны погибли 44 жителя Михайловки, в том числе вышеупомянутый председатель колхоза Иван Григорьевич Мотовилов.
В 1957 году колхоз «Новый путь» был упразднен, войдя в состав большого Инзерского совхоза в качестве шестого отделения (затем, вплоть до 2003 года было Михайловское отделение совхоза).
В наше время Михайловка продолжает быть центром сельсовета, но численность населения неуклонно уменьшается, составляя по последним данным около 90 человек.